Voluto dal Cardinale Giulio Alberoni, primo ministro del re Filippo V di Spagna e di Elisabetta Farnese, ne venne iniziata la costruzione nel 1733, sull'area di un preesistente Ospedale degli Incurabili. I primi diciotto chierici vi entrarono nel 1751, un anno prima della morte del Cardinale, avvenuta il 26 giugno 1752.
Memore delle sue umilissime origini e ansioso di offrire ai giovani indigenti che volevano studiare teologia e scienze sacre la possibilità di farlo senza preoccupazioni finanziarie, l'Alberoni donò ogni suo avere al mantenimento di questo Istituto, dalle cui stanze uscirono, nel corso degli ultimi due secoli, personaggi quali i cardinali Agostino Casaroli, Antonio Samorè e Silvio Oddi.
All'interno del vasto complesso architettonico trovano posto una preziosa biblioteca, la famosa Pinacoteca, l'Osservatorio astronomico, il Museo di Scienze Naturali e la chiesa di San Lazzaro risalente al XVIII secolo. Il collegio conserva opere pittoriche pregevolissime tra cui l’Ecce Homo di Antonello da Messina, il dittico di Jan Provoost, il San Giuseppe del Ribera, Il San Pietro di Guido Reni, la Cacciata dal Tempio di Giovanni Paolo Panini, nonché opere di Luca Giordano.
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